Open Babel peut convertir toutes sortes d'entrées en images avec des structures 2D.

PubChem offre un moyen d'obtenir la structure 2D d'une molécule si vous entrez le SMILES.

Cependant, pourquoi vous contenter de la 2D, si vous pouvez obtenir des structures 3D tout aussi facilement?

Comme ajout supplémentaire, vous pourriez aussi bien consulter https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=[INSERT-SMILES-HERE[/ code>. Cet outil produira la structure 3D de n'importe quelle molécule dont vous pouvez obtenir les SMILES. Écrivez simplement les SMILES après l'égal de, et voila ! Vous avez une jolie visionneuse interactive de molécules que vous pouvez faire pivoter pour voir à quoi elle ressemble.

Clause de non-responsabilité: Je ne suis affilié à aucun des sites publiés ci-dessus.

Si vous voulez un service Web gratuit, comme indiqué ci-dessus, vous pouvez utiliser PubChem pour convertir une chaîne SMILES en une représentation 2D. Mais ce n'est que "limité" aux entrées de PubChem ...

Une meilleure option, à mon humble avis, est le NIH Chemical Resolver très facile à utiliser

https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/ " identifiant de structure " / " représentation "

Par exemple, vous pouvez utiliser:

https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/aspirin/image:

Comme indiqué ci-dessus, l '"identifiant" peut être des noms, des chaînes SMILES échappées, etc.

Remarque: les triples liaisons dans Les chaînes SMILES représentées par '#' doivent être échappées par URL en tant que '% 23' (par exemple, la chaîne SMILES de ethyne doit être spécifiée comme 'C% 23C' au lieu de 'C # C' si elle est codée dans le cadre d'une URL

Ce n'est pas une API, mais JSME (Javascript Molecule Editor) peut être utilisé pour convertir MOL, SDF ou SMILES en une structure 2D.

Une autre option pour un peu de programmation est le Indigo Toolkit, qui contient des bibliothèques Python, Java, .NET et C.

L'exemple Python suivant prend l'isomérique SMILES pour Albuterol, que j'ai obtenu de PubChem, et rend des structures 2D pour trois formes (une avec une stéréochimie non spécifiée et les deux stéréoisomères). Les structures individuelles sont étiquetées avec leurs CID PubChem respectifs.

  depuis import indigo * depuis indigo.renderer import * indigo = Indigo () renderer = IndigoRenderer (indigo) mols = {'2083': 'CC (C) (C) NCC (C1 = CC (= C (C = C1) O) CO) O', '123600': 'CC (C) (C) NC [C @@ H] (C1 = CC (= C (C = C1) O) CO) O ',' 182176 ':' CC (C) (C) NC [C @ H] (C1 = CC (= C (C = C1 ) O) CO) O '} array = indigo.createArray () for key in mols.keys (): print (key, mols [key]) mol = indigo.loadMolecule (mols [key]) s = "CID =" + clé mol.setProperty ("grid-comment", s) array.arrayAdd (mol) indigo.setOption ("render-comment", "Albuterol") indigo.setOption ("render-comment-position", "top") indigo.setOption ("render-grid-margins", "40, 10") indigo.setOption ("render-grid-title-offset", "5") indigo.setOption ("render-grid-title-property", "grid-comment") indigo.setOption ("rendu-fond-couleur", 1.0, 1.0, 1.0) indigo.setOption ("rendu-atome-couleur-propriété", "couleur") indigo.setOption ("rendu-coloration ", True) indigo.setOption (" render-image-size ", 1200, 300) renderer.renderGridToFile (array, None, 3, "grid.png")  

Si vous êtes prêt à faire un petit effort de programmation, vous pouvez jeter un œil au Kit de développement de chimie (CDK) qui est facilement capable de convertir une chaîne SMILES en un rendu 2D du molécule.

Un exemple (tiré de ici) qui produira la représentation sous forme d'image PNG ressemble à ceci:

  import org.openscience.cdk .CDKConstants; import org.openscience.cdk.interfaces. *; Import org.openscience.cdk.silent.SilentChemObjectBuilder; import org.openscience.cdk.smiles.SmilesParser; import java.awt.Color; classe publique Main {public static void main (String [] args) lève l'exception {IChemObjectBuilder bldr = SilentChemObjectBuilder.getInstance (); SmilesParser smipar = nouveau SmilesParser (bldr); IAtomContainer mol = smipar.parseSmiles ("CN1C = NC2 = C1C (= O) N (C (= O) N2C) C"); mol.setProperty (CDKConstants.TITLE, "caféine"); DepictionGenerator dptgen = nouveau DepictionGenerator (); // taille en px (raster) ou mm (vecteur) // les annotations sont rouges par défaut dptgen.withSize (200, 250) .withMolTitle () .withTitleColor (Color.DARK_GRAY); dptgen.depict (mol) .writeTo ("~ / caffeine.png");}}  

Le résultat peut être vu ici